（内）”，该海关总署成立之后，所有经日本、良臣县、台湾、东南亚航道的船只，都要交纳货物等值百分之十的关税。
这是本朝自福建市舶司、广州市舶司之后的又一市舶司机构，也是隆庆开海以后大明再次设立的唯一海上关税机构。
牌子上的“内”字表明该机构是内廷直辖，与各地矿监税使衙门地位相等，是为了该机构将来不受外朝管控。
为确保东亚海关总署开张以后能够生意兴隆，联合舰队奉命在良臣县海域进行“查缉”行动。
来往海船无论是本国海商，还是西洋海商，又或是日本海商，都必须在那霸港停留计货计税，手续完备之后才可以放行。
百分之十的关税定额并不算高，本朝永乐时期海关税额是百分之五十，正德定期才降至百分之二十，后来实行的抽分制实际税额也不低于百分之二十，所以魏公公定下的百分之十关税完全是照顾了各国商人，充分体现了魏公公一直强调的“以人为本”经营治国理念。
海税是海事大业的核心，也是支撑魏公公宏图伟业的基础，因此魏公公旗帜鲜明向联合舰队提出，要确保来往东亚航道的每条船都要过港，每件货物都要过秤，每文钱都要过手。
新成立的良臣县也要全力配合海关总署查缉走私。为此，魏公公还将原先属琉球尚氏政权的一些兵丁改建为海关总署缉私队，配以一些伤退老兵为骨干，以确保海关总署有一支信得过，用得着的武装力量。
联合舰队将查缉行动当成对日作战预演，大举出动，以分队形式管控琉球海域。
过往琉球海域及航道上是有海盗出没，对各国商船造成威胁，但规模毕竟较小，有些船队自己的护卫力量就能解决，不能解决的交些过路费也就是了。
但联合舰队的出现却让“偷税漏税”成了过去，在强大的皇军海军面前，各国商人无一不低头乖乖往那霸港海关总署交纳税金。
中间，也曾发生过西洋商船开火事件，此事件最终以西洋商船罚金五百解决。
所有经停那霸的商船，都将由海关总署发给凭证，称之为“良船证”。
持“良船证”的将得到大明皇军的充分保护，没有的则视为海盗一律加以剿灭，货物充公，人员发配，不论国籍。
在查缉行动确保海关税收的背后，则是对日封锁的战略意图，也迫使日本有海上贸易的大名地方实力派们能够主动和皇军接触。
同时，也是配合大本营对“甲必丹”李旦政治工作，是谓恩威并施，两手都要硬。
八月二十七日，联合舰队派在良臣县西北海域二百里处的一支分舰队和从日本萨摩藩启程的一支船队发生交火。
此次交火导致日本萨摩藩的四条海船被扣，其余三艘逃回鹿儿岛。
根据被俘日本水手交
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